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Propagation du virus Corona: via l'Allemagne et Singapour vers l'Italie


Le SRAS-CoV-2 a atteint l'Italie via l'Allemagne et Singapour

La propagation mondiale du nouveau coronavirus SRAS-CoV-2 peut être reconstruite sur la base des informations génétiques collectées et une analyse actuelle des données montre comment trois types différents de virus SARS-CoV-2 se sont déplacés de Chine à travers le monde. Les virus ont probablement atteint l'Italie via l'Allemagne et Singapour.

Une équipe de recherche internationale a analysé la propagation mondiale du nouveau virus corona sur la base de la soi-disant «analyse du réseau phylogénétique», qui est utilisée en archéologie pour reconstruire l'histoire tribale humaine, et a ainsi acquis de nouvelles informations importantes sur les voies de distribution et les types de virus en circulation. Par exemple, le virus n'a pas atteint la Chine directement depuis l'Italie, mais via l'Allemagne et Singapour. Il devient également clair que d'autres types de virus sont courants en Europe et en Amérique qu'en Chine.

Le groupe de recherche autour du Dr. Michael Forster de l'Institut de biologie moléculaire clinique (IKMB) du Centre médical universitaire Schleswig-Holstein (UKSH) et de l'Université Christian Albrechts de Kiel (CAU) ainsi que Dr. Peter Forster de l'Institut McDonald pour la recherche archéologique de l'Université de Cambridge a utilisé la base de données GISAID («Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data») pour ses recherches, dans lesquelles des scientifiques testent génétiquement les résultats depuis la découverte du nouveau virus SARS-CoV-2 Sont entrés dans le séquençage du virus.

Base de données GISAID avec les génomes du virus

"Début mars 2020, la base de données GISAID (https://www.gisaid.org/) contenait une compilation de 253 génomes complets et partiels du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2)", rapporte l'hôpital universitaire de Schleswig- Holstein. Parmi eux, 244 du SRAS-CoV-2, isolés chez l'homme, neuf de plus du pangolin chinois (pangolin), considéré comme un hôte intermédiaire possible, et un génome issu de l'espèce de chauve-souris Rhinolophus affinis.

Les précurseurs du virus circulaient déjà dans le monde animal

Il est devenu clair que les ancêtres du nouveau virus SARS-CoV-2 s'étaient déjà développés chez des hôtes animaux avant qu'un humain ne soit infecté pour la première fois, rapporte l'équipe de recherche. La comparaison des génomes du virus avait également montré que, selon les connaissances actuelles, un coronavirus de chauve-souris est le plus similaire au SRAS-CoV-2 humain. Les chercheurs ont également réalisé une analyse du réseau phylogénétique, c'est-à-dire une enquête sur les relations génétiques, dans les 160 premiers génomes viraux complets d'échantillons humains, avec des résultats surprenants.

Trois variantes clés du virus

L'équipe de recherche a identifié trois variantes clés du SRAS-CoV-2, qu'ils appellent A, B et C. Le type A est le plus similaire au coronavirus de chauve-souris étroitement apparenté et est donc probablement l'ancêtre de tous les virus corona humains. "Cela a été confirmé par d'autres comparaisons avec deux souches de coronavirus pangolin apparentées à distance", rapportent les chercheurs. Fait intéressant, le type B répandu à Wuhan n'est pas le type de virus humain d'origine. Le type A, le génome d'origine du virus humain, existe à Wuhan, mais le type B est dominant.

Différents types de virus en Europe qu'en Asie de l'Est

Alors que le type B du virus est le plus répandu en Asie de l'Est, les types A et C ont été principalement trouvés chez les personnes touchées en Europe, en Australie et en Amérique dans la première phase de l'épidémie de coronavirus, rapportent les chercheurs. Le type C a été documenté au début à Singapour, entre autres endroits, et était souvent représenté parmi les premiers cas d'infection européens.

Itinéraires d'infection tracés exactement

Sur la base de l'analyse du réseau phylogénétique, les voies d'infection pour les cas documentés de COVID-19 pourraient être tracées avec précision, éliminant ainsi certaines ambiguïtés. Par exemple, dans le cas des infections dans le nord de l'Italie, il a été initialement supposé que "Patient One" avait été infecté par une certaine personne de contact à Wuhan de son cercle d'amis. Cependant, cette personne de contact a été testée négative et la recherche du «patient zéro» italien s'est soldée par une impasse - une mise en quarantaine efficace des personnes potentiellement infectées était impossible.

De l'Allemagne et de Singapour à l'Italie

La nouvelle analyse des données fournit désormais des informations selon lesquelles au moins deux voies d'infection précoces indépendantes étaient présentes en Italie. Les chercheurs rapportent que l'un d'entre eux peut être lié au premier cas connu en Allemagne et l'autre à l'épidémie dans la soi-disant «branche de Singapour».

Séquençage génomique et analyse des réseaux phylogénétiques

À l'avenir, le traçage phylogénétique pourrait aider à identifier les sources d'infection COVID-19 d'origine inconnue et à l'utiliser pour contenir le virus, conclut l'équipe de recherche. Dans le même temps, les résultats soulignent "la nécessité d'un séquençage génomique et l'utilisation de la méthode d'analyse des réseaux phylogénétiques", souligne le Dr. Michael Forster. (fp)

Informations sur l'auteur et la source

Ce texte correspond aux spécifications de la littérature médicale, des directives médicales et des études en cours et a été vérifié par des médecins.

Dipl. Geogr. Fabian Peters

Se gonfler:

  • Centre médical universitaire Schleswig-Holstein: traquer les origines génétiques du coronavirus (publié le 9 avril 2020), uksh.de
  • Peter Forster, Lucy Forster, Colin Renfrew, Michael Forster: Analyse du réseau phylogénétique des génomes du SRAS-CoV-2; dans: PNAS (publié le 8 avril 2020), pnas.org


Vidéo: Pandemic Lectures: Gathering the Facts. London Business School (Juin 2021).